A ver, hablando del MOVES II y Andalucía, que en su día estuve investigando un poco y es lo que conozco, y entiendo que el MOVES III funcionará igual, y el resto de comunidades también, aunque podría haber diferencias.
Entre la publicación en BOE y la publicación en el boletín de la comunidad, pueden hacerse pagos y no puede hacerse el registro (ya que no está publicado), que se hará posteriormente, no sin cierto "riesgo".
Pasada la publicación en el boletín de la comunidad, debe registrarse la ayuda antes de hacer ningún pago, o la denegarán por no cumplir con las bases (siempre que digan eso, pero lo suelen decir).
No puedo asegurar al 100% que sea así, pero son las conclusiones a las que he llegado...